Analysing the transcriptome of hypoxic cells using ChIP-seq and RNA-seq data Sauerstoffmangelversorgung (Hypoxie) ist eine häufige Komplikation bei
unterschiedlichen Erkrankungen wie Herzinfarkten, Schlaganfällen,
Infektionen und Tumoren. Als Antwort der einzelnen Zelle erfolgt die
Stabilisierung von Hypoxie induzierbaren Transkriptionsfakoren (HIF), die
direkt an DNA binden können und dadurch die Expression von Genen
regulieren, die der Mangelversorgung entgegenwirken. Die neue “High-
throughput sequencing” Technik macht es möglich, das gesamte
Transkriptom (alle abgelesenen Gene) der Zelle zu analysieren. Dieses
umfasst nicht nur die für Proteine kodierende messenger RNA sondern auch
nicht-kodierende RNA (ncRNA), der funktionelle Bedeutung für die Biologie
von zunhemendem Interesse ist.
In Kooperation mit der Medizinischen Klinik 4 am Universitätsklinikum sollen
Transkriptom-Datensets von hypoxischen Zellen im Vergleich zu
Kontrollbedingungen hinsichtlich der hypoxischen Regulation bekannter
ncRNAs untersucht werden. Die Ergebnisse sollen zudem im Kontext mit HIF-
Bindungsstellen analysiert werden. Prospektiv sollen die Ergebnisse benutzt
werden, um neue Transkripte und deren Funktion in der hypoxischen
Zellantwort funktionell aufzuarbeiten.
| Project manager: Dipl.-Inf. Christian Siegl, Dr. Roberto Grosso
Project participants: PD Dr. med. Johannes Schödel, D.phil.
Keywords: Bioinformatik, Genanalyse
Start: 1.12.2012
Mitwirkende Institutionen: Medizinische Klinik 4
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