Projekt

Das Forschungsprojekt ParMol befasst sich mit der verteilten Suche häufiger Fragmente in Moleküldatenbanken. In seinem Rahmen werden neue Verfahren entwickelt, um in großen Datenbanken interessante Zusammenhänge zwischen chemischen Strukturen zu finden. Diese Zusammenhänge werden als Molekülfragmente, d.h. in Form von Zusammenhangsgraphen dargestellt. Ein Anwendungsgebiet ist z.B. die in vitro Vorhersage toxischer Seiteneffekte von Medikamentenkandidaten schon vor in vivo oder klinischen Tests. Im Gegensatz zu bisher bekannten Verfahren suchen wir auch nach ähnlichen Strukturen, die biologisch oder chemisch die gleiche Wirkung zeigen. Um den dadurch entstehenden deutlich höheren Rechenbedarf zu decken, werden die entwickelten Verfahren parallelisiert und so entworfen, dass sie sich auch für die Bearbeitung auf verteilten Ressourcen eignen.
Im Jahr 2006 wurden die bestehenden Graphminer teilweise dahingehend erweitert, dass sie neben der Anzahl von Graphen in der Datenbank, in denen interresante Fragmente vorkommen, auch die Anzahl der Einbettungen als Häufigkeit betrachten. Es hat sich dabei herausgestellt, dass mit diesem neuen Häufigkeitsmaß eine Flexibilität gewonnen wird, die das Graphmining auch für andere Anwendungsdomänen einsetzbar macht. Die im Projekt ParMol erzielten Ergebnisse bilden daher den Ausgangspunkt für das Folgeprojekt ParSeMiS .