Research project

Der Forschungsschwerpunkt in der Bioinformatik besteht aus der Identifikation und Analyse regulatorischer Regionen, der so genannten Promotoren, in genomischer DNA. Diese Regionen sind maßgeblich daran beteiligt, dass die Expression eines Gens unter den richtigen Bedingungen erfolgt. Das stochastische System "McPromoter" zur exakten und spezifischen Lokalisierung von Promotoren wird seit 1998 am Lehrstuhl entwickelt. Zwei Versionen, die anhand von Beispielsequenzen aus Fruchtliege und Wirbeltieren trainiert wurden, sind aktuell verfügbar und werden zur Annotierung der großen Datenmengen aus den Sequenzierprojekten eingesetzt -- beispielsweise des gesamten Genoms der Fruchtfliege oder des Erbgutes mehrerer menschlicher DNA-Viren. Für akademische Institutionen ist ein kostenfreier Zugang über unseren Web-Server möglich; Lizenzen für kommerzielle Nutzung sind auf Anfrage erhältlich.
Zur Zeit wird das System erweitert, um die gefundenen regulatorischen Sequenzen auf konservierte Bereiche hin zu analysieren. Dazu sollen in Promotorregionen von Genen, die unter den selben Bedingungen aktiv sind, überrepräsentierte Teilsequenzen ermittelt werden, die mögliche Angriffspunkte regulatorischer Proteine sind. Die Identifikation dieser Muster stellt einen wesentlichen Schritt auf dem Weg zum Verständnis der komplexen regulatorischen Netzwerke dar, die zur Entwicklung eines komplexen Organismus führen.