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BioPerl: Perl Programmierung für Biologie (ILS-MA-B13)5 ECTS (englische Bezeichnung: BioPerl: Perl Programming for Biology)
Modulverantwortliche/r: Leila Taher Lehrende:
Leila Taher
Start semester: |
SS 2018 | Duration: |
1 semester | Cycle: |
halbjährlich (WS+SS) |
Präsenzzeit: |
75 Std. | Eigenstudium: |
75 Std. | Language: |
Englisch |
Lectures:
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Perl Programming for Biology
(Vorlesung mit Übung, 5 SWS, Anwesenheitspflicht, Leila Taher, Thu, 16:00 - 19:00, CIP-Pool in der Physik; single appointment on 17.7.2018, 16:00 - 19:00, CIP-Pool in der Physik; to 26.7.2018; Für weitere Informationen und Anmeldung, wenden Sie sich bitte an Prof. Leila Taher (leila.taher@fau.de).)
Empfohlene Voraussetzungen:
None
Inhalt:
Lecture:
The lectures will cover basic data structures, reading and writing files, program control, and regular expressions. The Perl programming language will be used to introduce skills and concepts to process and interpret biological data. The extensive BioPerl modules will be part of the course. Computer Lab:
Students will work through examples focused on typical problems in bioinformatics research, in particular, in the field of sequence analysis. Homework programming projects should consolidate the learned concepts and impart some programming practice.
Lernziele und Kompetenzen:
The students
acquire basic abilities to design algorithms to solve specific problems
become familiar with basic principles of programming
are able to perform basic software development task and phrase research questions using Perl
are able to understand more complex programs written by others
Literatur:
Learning Perl (O’Reilly)
Introduction to Algorithms (The MIT Press)
Algorithms on Strings, Trees and Sequences (Cambridge University Press)
Verwendbarkeit des Moduls / Einpassung in den Musterstudienplan: Das Modul ist im Kontext der folgenden Studienfächer/Vertiefungsrichtungen verwendbar:
- 643#65#H
(Po-Vers. 2012 | NatFak | Integrated Life Sciences: Biologie, Biomathematik, Biophysik (Master of Science) | Modulgruppen | MG1: Mathematische Modellierung und Systembiologie | Wahlpflichtmodule der Modulgruppe1 | Perl Programming for Biology)
Studien-/Prüfungsleistungen:
Perl Programming for Biology (Prüfungsnummer: 83711)
- Prüfungsleistung, Hausarbeit, benotet, 5 ECTS
- Anteil an der Berechnung der Modulnote: 100.0 %
- weitere Erläuterungen:
benotete Hausarbeit ca. 10 Seiten
- Erstablegung: SS 2018
- Termin: 26.07.2018, 16:00 Uhr
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