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Orientierungsmodul Biochemie III: RNA-seq Analyse der Cassava Speicherwurzelentwicklung (BCMA III)7.5 ECTS (englische Bezeichnung: BCMA III: RNA-seq Analysis of the Cassava root development)
(Prüfungsordnungsmodul: RNA-seq Analyse der Cassava Speicherwurzelentwicklung)
Modulverantwortliche/r: Uwe Sonnewald Lehrende:
Wolfgang Zierer, Uwe Sonnewald
Startsemester: |
SS 2021 | Dauer: |
1 Semester | Turnus: |
jährlich (SS) |
Präsenzzeit: |
120 Std. | Eigenstudium: |
105 Std. | Sprache: |
Deutsch |
Lehrveranstaltungen:
Inhalt:
Einführung in die Analyse von Next Generation Sequencing Daten am Beispiel eines RNAseq Datensatzes zur Cassava (Manihot esculenta) Wurzelentwicklung.
Cassava Entwicklung, Physiologie, Biochemie
Entwicklung der Genexpressionsanalyse und Sequenziermethoden
Bioinformatische Prozessierung von RNAseq Daten
Einführung in biologische Statistik
Sequenzdatenbanken und Ähnlichkeitssuche (BLAST)
Promotorextraktion und Vorhersage von Transkriptionsfaktorbindestellen (TFBS)
Analyse- und Visualisierungsmethoden
Primer Design und qRT-PCR Validierung von Kandidatengenen
Auswertung von qRT-PCR Daten
Biologische Einordnung der Ergebnisse
Lernziele und Kompetenzen:
Die Studierenden sind in der Lage:
nach einer Einführung in das Arbeiten in einer Linux Umgebung, Programme in Linux anzuwenden
grundlegende Befehle und Programmierungen in bash/R für Einsteiger selbst durchzuführen
zu verstehen, wie großen Datenmengen aus biologischen Versuchen generiert werden und können diese auswerten und analysieren
den Hintergrund und Ablauf der Prozessierung von Next Generation Sequencing- Daten zu verstehen und die Ergebnisse aus diesen Daten zu analysieren
bioinformatische Methoden zur Auswertung von RNAseq Daten anzuwenden und die Ergebnisse der Analysen zu interpretieren
Datenbanken und Programme für die Analyse von RNAseq Daten anzuwenden
Kernmethoden der biologischen Statistik zu verstehen und auf biologischen Fragestellungen anzuwenden
biologische Interpretation von RNAseq Daten zu visualisieren
Ergebnisse aus wissenschaftlichen Versuchen aufzubereiten und zu präsentieren, sowie in Form eines wissenschaftlichen Berichts/Manuskripts dazustellen
Verwendbarkeit des Moduls / Einpassung in den Musterstudienplan:
- Zell- und Molekularbiologie (Master of Science)
(Po-Vers. 2019w | NatFak | Zell- und Molekularbiologie (Master of Science) | Orientierungsmodule | Biologische Orientierungsmodule | RNA-seq Analyse der Cassava Speicherwurzelentwicklung)
Studien-/Prüfungsleistungen:
BCMA III: RNA-seq Analyse der Cassava Speicherwurzelentwicklung (Prüfungsnummer: 22811)
- Prüfungsleistung, mehrteilige Prüfung, benotet, 7.5 ECTS
- Anteil an der Berechnung der Modulnote: 100.0 %
- weitere Erläuterungen:
Mündliche Prüfung 30 Min.
Schriftliche Ergebnispräsentation (5-10 Seiten)
- Erstablegung: SS 2021
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