Zu den Arbeitsgebieten am Lehrstuhl II gehören Fragen der theoretischen Philosophie, insbesondere von Wissenschaftstheorie, Logik, Philosophie der Mathematik, Erkenntnistheorie und Metaphysik.

Die systematischen Schwerpunkte liegen in der Allgemeinen Methodenlehre und in Begründungsproblemen in Logik, Mathematik und Wissenschaften.

Zu den historische Forschungsschwerpunkte gehören die Geschichte der Logik von Leibniz bis heute, die Geschichte der mathematischen Grundlagenforschung des 19. und 20. Jahrhunderts und die Wissenschaftsgeschichte von der Renaissance an. Am Lehrstuhl wird eine Dokumentation zur Geschichte der Logik gepflegt.

• Bernays Edition Project
  
• Erforschung der Vortragstätigkeit am Bauhaus
  
• Erlangen Database for the History of Logic
  
• Transkription und Edition eines nachgelassenen Beweistheorie-Buchfragments von G. Gentzen
  
• Werkedition Oskar Becker
  

• Wissenschaftliche Biographie von Ernst Zermelo (1871-1953)