Molecular Modelling (MSV-6L)5 ECTS
(englische Bezeichnung: Molecular modelling)

Lehrveranstaltungen:

• • Molecular Modelling (V/UE) (WS 2015/2016)
    (Vorlesung mit Übung, Nico van Eikema Hommes et al., Mo, 12:00 - 17:00, CCC 2.206; Mo, 12:00 - 18:00, CCC 2.203; Do, 10:30 - 17:00, CCC 2.206, CCC 2.203; vom 23.11.2015 bis zum 11.12.2015)
  • Molecular Modeling PRA (SS 2016)
    (Vorlesung mit Übung, 2 SWS, Nico van Eikema Hommes et al., Mo, 12:00 - 17:00, CCC 2.203, CCC 2.206; Mi, 13:00 - 17:00, CCC 2.203; Fr, 8:00 - 12:00, CCC 2.203; vom 23.5.2016 bis zum 3.6.2016; Anmeldung über StudON)

Inhalt:

MM:
Kraftfelder, Molekülmechanik, Molekulardynamik, Einführung in die Modellierung komplexer Systeme. Molekulare Modellierung von Proteinen, Solvatation, Faltung und Protein-Wirkstoff Wechselwirkungen. Konzepte von Hybrid- und Coarse-graining Methoden zur Überwindung von Zeit- und Längenskalen.
Praktikum:
Einführung in Modeling-Techniken und Visualisierung, Durchführung von einfachen Rechnungen und Analyse komplexer Simulationen, Strukturdefinition, -optimierung, Moleküldynamik, Einführung in die praktische Durchführung von Hartree-Fock-Rechnungen und die Anwendung von semiempirischen Methoden, Parametrisierung und Anwendung von Kraftfeldern, Energieprofile, Übergangszustände, Coarse-graining und Hybridmethoden.

Lernziele und Kompetenzen:

Die Studierenden

• sind in der Lage Molecular Modeling Programme selbstständig anzuwenden

• können auch komplexe Fragestellungen auf geeignete molekulare Modellsysteme übertragen

• sind fähig Kraftfeld, Semiempirik, Dichtefunktional- und ab initio Berechnungen selbstständig durchzuführen

• sind in der Lage, Moleküldynamische Simulationen durchzuführen, zu analysieren und Gleichgewichtsstrukturen bzw. Übergangszustände zu identifizieren.

Literatur:

Ein umfassendes Skript für die Vor- und Nachbereitung des Stoffes werden online zur Verfügung gestellt (StudOn).

Bemerkung:

Verwendbarkeit des Moduls: B.Sc. Molecular Science (Vertiefungsrichtung Lifescience)

Organisatorisches:

Einpassung in Musterstudienplan: Im 5. und 6. Fachsemester

Verwendbarkeit des Moduls / Einpassung in den Musterstudienplan:
Das Modul ist im Kontext der folgenden Studienfächer/Vertiefungsrichtungen verwendbar:

1. Molecular Science (Bachelor of Science)
   (Po-Vers. 2013 | Vertiefungsrichtung Nano Science / Life Science | Vertiefungsrichtung Life Science | Molecular Modelling)

Studien-/Prüfungsleistungen:

Molecular Modelling (Prüfungsnummer: 30611)

(englischer Titel: Molecular Modelling)

Prüfungsleistung, mehrteilige Prüfung, benotet

Anteil an der Berechnung der Modulnote: 100.0 %

weitere Erläuterungen:
Studien- und Prüfungsleistungen: Portfolioprüfung (PFP): Molecular Modelling: W90 (PL) Seminar Molecular Modelling: EX (PL) Praktikum Molecular Modelling: LAB (PL, AP) Berechnung der Modulnote: W90 (PL) 50%, EX (PL) 25%, LAB (PL, AP) 25%

Prüfungssprache: Deutsch

Erstablegung: SS 2016

1. Prüfer:

Dirk Zahn

Termin: 12.02.2016, 11:00 Uhr
Termin: 13.07.2016, 16:00 Uhr
Termin: 17.02.2017, 11:00 Uhr
Termin: 26.07.2017, 16:00 Uhr